В декабре 1963 был арестован в Гватемале и депортирован в Никарагуа. С 1965 20-летний Даниэль Ортега вошел в состав Национального руководства СФНО. В 1966—1967 гг. — командующий Центральным фронтом СФНО. Участвовал в совершении террористического акта 23 октября 1967, в результате которого был убит один из руководителей сомосовской "Национальной гвардии" Г. Лакайо. После ареста в Манагуа (18 ноября 1967) в течение 7 лет находился в суровом заключении в тюрьме "Типитапе". 30 декабря 1974 был освобожден в результате вооруженной акции СФНО и выехал на Кубу. В 1976 нелегально вернулся в Никарагуа, возглавлял вооруженную борьбу против режима А. Сомосы в ряде районов страны. В 1979 вошел в Руководящий совет правительства Национального возрождения.
После победы Сандинистской революции возглавил правительство Национальной реконструкции (20 июля 1979 года), которое с 1980, опираясь на помощь СССР и Кубы, начало строительство социализма в Никарагуа. От СССР Даниэль Ортега получил 50 танков Т-54, 250 военных советников и 125 млн долларов. СССР также оказал сандинистам дипломатическую поддержку. С марта 1981 Даниэль Ортега избран координатором Руководящего совета СФНО. В 1982 в связи с активизацией деятельности антисандинистских партизан (т. н."контрас"), поддерживаемых США, правительство Ортеги ввело в стране чрезвычайное положение, действовавшее до 1988 г.
В ноябре 1984 Ортега был избран президентом Никарагуа и официально вступил на этот пост 10 января 1985. В 1987 правительство Д. Ортеги столкнулось с серьезными экономическими трудностями и было вынуждено свернуть почти все социальные программы. В феврале-марте 1989, после прекращения помощи от СССР, сандинистское правительство начало искать пути прекращения гражданской войны, провело ряд демократических реформ и назначило президентские и парламентские выборы на февраль 1990 г. На прошедших 25 февраля 1990 выборах блок партий Союз национальной оппозиции во главе с Виолеттой Чаморро нанес поражение сандинистам. В. Чаморро получила 55 % голосов, тогда как Д. Ортега — 40 %. Ровно через два месяца, 25 апреля, Даниэль Ортега уступил пост президента Виолетте Чаморро.
После поражения сандинистов Д. Ортега выразил удовлетворение тем, что "сандинистская революция не стала механической копией советской или кубинской модели", а использовала "смешанную экономику и политический плюрализм для восстановления и развития страны, создания богатств с тем, чтобы в последствии их обобществить". Баллотировался в президенты на выборах в 1996 и 2002, но оба раза проиграл кандидатам от правых сил. В ходе предвыборной кампании 2002 приветствовал частную собственность и крупный капитал, заявив: "Я изменился и извлек уроки из прошлого. … Команданте Ортега больше не существует".
Более 30 лет Даниэль Ортега состоит в браке с поэтессой Росарио Мурильо. В свое время она даже успела побывать министром культуры Никарагуа. У пары шестеро общих детей и одна дочь Росарио от другого мужчины. Но лишь в сентябре 2005 года Ортега обвенчался с гражданской женой.
Даниэль Ортега выиграл президентские выборы в Никарагуа 5 ноября 2006 г., получив 38 % голосов. Основными его соперниками были получившие 29 и 26,2 процента голосов соответственно глава Либерального никарагуанского альянса Эдуардо Монтеалегре и консерватор Хозе Рисо. В первую неделю своего президентства встретился (в Манагуа) с президентом Ирана Ахмадинежадом.
